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【PDF】生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 - 醫學(xué)資源下載
資源作者：gogoyingying
資源分類(lèi)：醫學(xué) - 基礎醫學(xué)
資源屬性：電子書(shū)
資源售價(jià)：1 愛(ài)醫幣
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上傳日期：2013-04-11 00:00:02

生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 作者：（美）喬納森·佩夫斯納 出版社：化學(xué)工業(yè)出版社 出版日期：2006-06 ISBN：9787502583835 版次：1 頁(yè)數：706 字數： 開(kāi)本：16開(kāi) 包裝：平裝 生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 翻開(kāi)《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》，您將會(huì )情不自禁地沉浸于其中……《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》內容全面，很好地將生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)的理論和實(shí)踐應用結合起來(lái)，非常重視生物信息學(xué)的具體應用技巧。另外，《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》還具有如下特色：作者權威?！渡镄畔W(xué)與功能基因組學(xué)》作者是霍普金斯醫學(xué)院教授，在國際上有很高的聲譽(yù)和權威性。實(shí)踐性強。每一章都有問(wèn)題集、與生物信息學(xué)有關(guān)的web操作訓練以及相應的web鏈接，還列出了可以免費獲取的生物信息學(xué)軟件和作者推薦的讀物。范例典型。 編輯推薦 《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》從頭到尾都用一個(gè)基因和它的蛋白產(chǎn)物作為例子進(jìn)行講解。這個(gè)蛋白是視黃醇結合蛋白(retinol-binding protein，RBP)。圖文并茂?！渡镄畔W(xué)與功能基因組學(xué)》在論述的同時(shí)配以大量的圖片，直觀(guān)、形象、通俗易懂。 目錄 第1篇　數據庫中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)序列的分析生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 第1章　緒言 1.1本書(shū)的結構 1.2生物信息學(xué)：藍圖 1.3一個(gè)貫穿本書(shū)的例子：視黃醇結合蛋白 1.4章節的組織 1.5對學(xué)生和教師的建議：Web練習和找基因 1.6重要的生物信息學(xué)網(wǎng)址 1.7推薦讀物 參考文獻 第2章　獲取序列數據和文獻信息 2.1生物學(xué)數據庫介紹 2.2GenBank：收錄幾乎所有已知的核酸和蛋白質(zhì)序列的數據庫 2.2.1序列數據的總量 2.2.2GenBank中的物種數 2.2.3GenBank存儲的數據類(lèi)型 2.2.4表達序列標簽 (ESTs) 2.2.5序列標簽位點(diǎn) (STS) 2.2.6基因組測序序列 (GSSs) 2.2.7高通量基因組序列 (HTGS) 2.3美國國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 2.3.1NCBI的介紹：NCBI的主頁(yè) 2.3.2索引號碼：識別序列的標簽 2.3.3五種獲取DNA和蛋白質(zhì)序列的方法 2.3.4如何進(jìn)入序列數據的例子：HIV pol 2.3.5獲取生物醫學(xué)文獻 2.4展望 2.5常見(jiàn)問(wèn)題 2.6網(wǎng)絡(luò )資源生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 2.7討論題 2.8習題 2.9自測題 2.10推薦讀物 參考文獻 第3章　雙序列比對 3.1引言 3.1.1蛋白質(zhì)比對：通常比DNA比對具有更豐富的信息 3.1.2同源性、相似性、一致性的概念 3.1.3間隙 3.1.4雙序列比對、同源和生命的進(jìn)化 3.2Dayhoff模型：可接受點(diǎn)突變 3.2.1PAM1矩陣 3.2.2PAM250和其他PAM矩陣 3.2.3從突變概率矩陣到對數比值打分矩陣 3.2.4雙序列比對中PAM矩陣的實(shí)際有用性 3.2.5PAM矩陣的重要替代者：BLOSUM打分矩陣 3.2.6雙序列比對和檢測限度 3.3比對算法：全局和局部 3.3.1全局序列比對：Needleman?Wunsch算法 3.3.2局部序列比對：Smith?Waterman算法 3.3.3Smith?Waterman算法的快速、啟發(fā)式版本：FASTA和BLAST 3.3.4局部比對搜索工具 (BLAST) 3.4雙序列比對的顯著(zhù)性：一致性百分比 3.4.1雙序列比對統計顯著(zhù)性檢驗 3.4.2全局比對的統計顯著(zhù)性 3.4.3局部比對的統計顯著(zhù)性 3.5展望 3.6常見(jiàn)問(wèn)題 3.7網(wǎng)絡(luò )資源 3.8問(wèn)題討論 3.9問(wèn)題 3.10自測題 3.11推薦讀物生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 參考文獻 第4章　局部比對搜索基本工具BLAST 4.1引言 4.2BLAST搜索步驟 4.2.1步驟1：選定感興趣的序列 4.2.2步驟2：選擇BLAST程序 4.2.3步驟3：選擇數據庫 4.2.4步驟4：選擇參數 4.3BLAST算法使用局部比對搜索的策略 4.3.1BLAST算法組成部分：列表、掃描、延伸 4.3.2BLAST算法：局部比對搜索的統計學(xué)和 E值 4.3.3用比特分數來(lái)說(shuō)明原始分數的意義 4.3.4BLAST算法：E值與 P值間的關(guān)系 4.3.5BLAST中的空位比對 4.3.6將BLAST搜索進(jìn)行到底 4.4BLAST搜索的一些策略 4.4.1一般性概念 4.4.2BLAST搜索的原則 4.5多結構域蛋白 (HIV?1 pol) 的BLAST檢索 4.6BLAST檢索脂質(zhì)運載蛋白：改變打分矩陣的作用 4.7展望 4.8常見(jiàn)問(wèn)題 4.9網(wǎng)絡(luò )資源 4.10討論題 4.11問(wèn)題 4.12自測題 4.13推薦讀物 參考文獻 第5章　高級比對搜索 5.1引言生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書(shū)下載 5.2專(zhuān)門(mén)的Blast比對網(wǎng)站 5.2.1基于某些具體生物的比對網(wǎng)站 5.2.2特定分子的比對搜索站點(diǎn) 5.2.3專(zhuān)門(mén)的比對搜索服務(wù)器以及比對相關(guān)的算法 5.3運用比對相似的工具快速地搜索基因組DNA序列 5.4尋找遠緣相關(guān)的蛋白質(zhì)：位點(diǎn)特異性反復比對 (PSI?BLAST) 5.4.1位點(diǎn)特異性反復比對的結果評估 5.4.2位點(diǎn)特異性反復比對的錯誤：破壞的問(wèn)題 5.5模式識別BLAST (PHI?BLAST) 5.6用BLAST來(lái)發(fā)現新基因 5.7展望 5.8常見(jiàn)問(wèn)題 5.9網(wǎng)絡(luò )資源 5.10問(wèn)題討論 5.11問(wèn)題 5.12自測題 5.13推薦讀物 參考文獻 第2篇　RNA和蛋白質(zhì)的基因組層次上的分析 第6章　基因表達的生物信息學(xué)方法 6.1引言 6.2mRNA：基因表達的研究對象 6.3cDNA文庫的基因表達分析 6.3.1用cDNA文庫解釋表達數據的注意事項 6.3.2TIGR基因索引 6.4基因表達系列分析 6.5微陣列：基因表達的全基因組測量 6.5.1第一階段：微陣列的實(shí)驗設計 6.5.2第二階段：RNA的制備與探針制備 6.5.3第三階段：將標記后的樣本和DNA微陣列雜交 6.5.4第四階段：圖像分析 6.5.5第五階段：數據分析 6.5.6第六階段：生物學(xué)證實(shí) 6.5.7第七階段：微陣列數據庫 6.5.8第八階段：深入分析 6.6展望 6.7常見(jiàn)問(wèn)題 6.8網(wǎng)絡(luò )資源 6.9問(wèn)題討論 6.10習題 6.11自測題 6.12推薦讀物 參考文獻 第7章　基因表達：芯片數據分析 7.1引言 7.2芯片數據分析：預處理 7.2.1全局歸一化 7.2.2散點(diǎn)分析 7.2.3數據全局歸一化中的局部歸一化 7.3芯片數據分析：推測統計學(xué)方法 7.4芯片數據分析：記述統計學(xué)方法 7.4.1芯片數據的層級聚類(lèi)分析 7.4.2分離方法用于聚類(lèi)：k均值聚類(lèi) 7.4.3聚類(lèi)策略：自組織圖 7.4.4主成分分析算法：芯片數據的觀(guān)察算法 7.4.5監督算法對芯片實(shí)驗中基因或樣本數據的分類(lèi) 7.4.6芯片數據注釋 7.5展望 7.6常見(jiàn)問(wèn)題 7.7網(wǎng)絡(luò )資源 7.8問(wèn)題討論 7.9問(wèn)題 7.10自測題 7.11推薦讀物 參考文獻 第8章　蛋白質(zhì)分析和蛋白質(zhì)組學(xué) 8.1引言 8.2如何認識蛋白質(zhì)：從四個(gè)視角看蛋白質(zhì) 8.2.1視角1.結構域和模體：蛋白質(zhì)的模塊性質(zhì) 8.2.2多結構域蛋白的復雜性 8.2.3蛋白質(zhì)模式：模體或蛋白質(zhì)的指紋特征 8.2.4視角2.蛋白質(zhì)的物理性質(zhì) 8.2.5視角3和視角4的介紹：Gene Ontology協(xié)會(huì ) 8.2.6視角3.蛋白質(zhì)定位 8.2.7視角4.蛋白質(zhì)的功能 8.3蛋白質(zhì)組學(xué)：對高通量蛋白質(zhì)數據進(jìn)行分析的生物信息學(xué)工具和方法 8.3.1二維凝膠電泳 8.3.2親和層析和質(zhì)譜 8.3.3酵母雙雜交系統 8.3.4Rosetta Stone方法 8.4分析細胞通路的生物信息學(xué)方法 8.5展望 8.6常見(jiàn)問(wèn)題 8.7網(wǎng)絡(luò )資源 8.8問(wèn)題討論 8.9問(wèn)題 8.10自測題 8.11推薦讀物 參考文獻 第9章　蛋白質(zhì)結構 9.1蛋白質(zhì)結構與結構基因組學(xué)概要 9.1.1蛋白質(zhì)結構，同源和功能基因組學(xué) 9.1.2結構基因組學(xué)提出的問(wèn)題：載脂蛋白家族 9.1.3蛋白質(zhì)結構的基本原理：從一級結構到二級結構 9.1.4蛋白質(zhì)三級結構：蛋白質(zhì)折疊問(wèn)題 9.1.5獲得蛋白質(zhì)結構的實(shí)驗手段 9.1.6選擇目標與獲得蛋白質(zhì)的三維構象 9.2PDB數據庫 9.2.1在NCBI訪(fǎng)問(wèn)PDB記錄 9.2.2蛋白折疊類(lèi)型概況 9.3用于結構研究的計算生物學(xué)方法 9.3.1同源 (比較) 模建 9.3.2從頭預測 9.4蛋白質(zhì)結構預測和蛋白質(zhì)折疊空間的界限 9.5蛋白質(zhì)結構與疾病 9.6展望 9.7常見(jiàn)問(wèn)題 9.8網(wǎng)絡(luò )資源 9.9問(wèn)題討論 9.10問(wèn)題 9.11自測題 9.12推薦讀物 參考文獻 第10　章多序列比對 10.1引言 10.1.1多序列比對的定義 10.1.2多序列比對的典型應用和實(shí)際策略 10.1.3Feng和Doolittle的漸進(jìn)比對方法 10.1.4從多序列比對到隱馬模型 10.2兩種多序列比對的程序 10.2.1多序列比對的數據庫 10.2.2由用戶(hù)產(chǎn)生的多序列比對 10.2.3其他多序列比對軟件 10.2.4多重比對算法的評估 10.3展望 10.4常見(jiàn)問(wèn)題 10.5網(wǎng)絡(luò )資源 10.6問(wèn)題討論 10.7問(wèn)題 10.8自測題 10.9推薦讀物 參考文獻 第11章　分子水平的系統發(fā)生和進(jìn)化 11.1分子水平的進(jìn)化介紹 11.1.1歷史背景 11.1.2分子時(shí)鐘假說(shuō) 11.1.3分子進(jìn)化中的“不確定性理論” 11.1.4分子系統演化的目標 11.2分子系統發(fā)生：系統發(fā)生樹(shù)相關(guān)專(zhuān)用名詞 11.2.1樹(shù)根 11.2.2枚舉樹(shù) 11.2.3物種樹(shù)和基因/蛋白質(zhì)樹(shù) 11.3系統發(fā)生分析的4個(gè)步驟 11.3.1第一步：利用DNA、RNA或蛋白質(zhì)序列來(lái)進(jìn)行分子系統發(fā)生分析 11.3.2第二步：多重序列比對 11.3.3第三步：構建系統發(fā)生樹(shù)的方法 11.3.4第四步：用隨機測試和引導檢測的方法評估進(jìn)化樹(shù) 11.4展望 11.5常見(jiàn)問(wèn)題 11.6網(wǎng)絡(luò )資源 11.7問(wèn)題討論 11.8問(wèn)題 11.9自測題 11.10推薦讀物 參考文獻 第3篇　基因組分析 第12章　全基因組和系統發(fā)生樹(shù) 12.1引言 12.2系統分類(lèi)學(xué)簡(jiǎn)史 12.3地球上生命形式的生物發(fā)展史 12.4系統發(fā)生樹(shù)的分子序列基礎 12.5生物信息學(xué)在系統分類(lèi)學(xué)中的角色 12.6基因組測序計劃 12.7基因組測序計劃的簡(jiǎn)要年表 12.7.1總覽：1977年～現在 12.7.2第一個(gè)病毒基因組 (1977年) 12.7.3第一個(gè)真核細胞器基因組 (1981年) 12.7.4第一個(gè)葉綠體基因組 (1986年) 12.7.5第一個(gè)真核染色體 (1992年) 12.7.6獨立生存的生物體的全基因組 (1995年) 12.7.7第一個(gè)真核基因組 (1996年) 12.7.8更多的細菌和古細菌 (1997年) 12.7.9第一個(gè)多細胞生物的基因組 (1998年) 12.7.10人類(lèi)染色體 (1999年) 12.7.11蠅、植物和人類(lèi)21號染色體 (2000年) 12.7.12人類(lèi)基因組序列的草圖 (2001年) 12.7.13基因組測序的不斷完成 (2002年) 12.8基因組分析總覽 12.8.1選擇用

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